1、来源不同：它们是不同植物的种子，白南瓜子是来源于蒙古特产雪片瓜；黑南瓜子则来源于兰州籽瓜。

2、成熟季节不同：白南瓜子多在夏天成熟；黑南瓜子则多在秋天成熟。

3、颜色不同：白南瓜子个头大，外表颜色为白色，种仁扁平；而黑南瓜子的外表则多为暗黄色，个头较小，种仁比较厚，看上去圆鼓鼓的。