微生物按其结构、化学组成、生活习性等差异可分成三大类。

1、真核细胞型微生物，细胞核的分化程度较高，有核膜、核仁和染色体。胞质内有完整的细胞器，如内质网、核糖体及线粒体等。真菌属于此类型微生物；

2、原核细胞型微生物，细胞核分化程度低，仅有原始核质，没有核膜与核仁，细胞器不很完善。这类微生物种类众多，有细菌、螺旋体、支原体、立克次体、衣原体和放线菌等；

3、非细胞型微生物，没有典型的细胞结构，亦无产生能量的酶系统，只能在活细胞内生长繁殖。病毒属于此类型微生物。